Tā ieteikusi Rīgikogu (Igaunijas parlamentam) pirms Baltijas valstu starpvaldību līguma ratificēšanas lūgt valdībai veikt papildu analīzi un izstrādāt rīcības plānus gadījumam, ja valsts izdevumi šai projektā pieaugtu.
Kā teikts Igaunijas Valsts kontroles atzinumā, nedz pašā līgumā, nedz tā ratifikācijas likumprojekta paskaidrojuma rakstā nav dotas skaidras atbildes uz jautājumiem, kādas finansiālās saistības jāuzņemas valstij, kā projekts tiks finansēts un vai pastāv noteikts lēmumu pieņemšanas mehānisms gadījumā, ja projekta izmaksas pieaug, ja tas netiek pabeigts līdz paredzētajam termiņam vai ja mainās finansējums.
Nezinot valsts finansiālās saistības šai projektā, nav skaidrs, kādas saistības ar Rīgikogu akceptu būtu jāuzņemas valdībai, kādu summu un kādā laika periodā valsts plāno izdot Rail Baltica izbūvei, no kurienes tiks ņemti līdzekļi un kā līguma izpildes gaitā parlamentam tiks nodrošinātas iespējas iejaukties turpmākajos lēmumos attiecībā uz tā finansēšanu, konstatē Valsts kontrole.
Nedz līgumā, nedz paskaidrojuma rakstā nav teikts, kādā veidā Igaunija, Latvija un Lietuva finansēs projektu, norāda Igaunijas Valsts kontrole. Līgumā valstis vienīgi uzņemas saistības censties panākt Eiropas Savienības atbalstu pēc augstākās iespējamās ES līdzfinansējuma likmes. Nav skaidrs, kā projekts tiks finansēts gadījumā, ja samazinātos ES atbalsts, pieaugtu izmaksas vai ja projekta rentabilitāte izrādītos zemāka par plānoto.
Valsts kontroles atzinumā sacīts, ka līgumā nav viennozīmīgi aprakstīta iespējamā izstāšanās no starpvalstu līguma un tās sekas. Nav noregulēta projekta dalībvalstu atbildība līguma pārkāpšanas gadījumā, un nav līdz galam reglamentēta strīdu izšķiršanas kārtība. Līgumā gan teikts, ka pušu strīdi, kas izriet no līguma interpretēšanas vai piemērošanas, risināmi pušu sarunu un konsultāciju ceļā, taču nav norādīts turpmākais mehānisms strīdu risināšanai neveiksmīgu sarunu gadījumā. Dokumentā arī nav atsevišķu punktu par atbildību.
Kā uzsvērusi Valsts kontrole, nav skaidri noteikta Igaunijas parlamenta loma un līdzdalība lēmumu pieņemšanā attiecībā uz šo projektu. No materiāliem, kas nodoti Rīgikogu rīcībā, un no Valsts kontrolei sniegtajiem paskaidrojumiem izriet, ka pēc starpvalstu līguma ratifikācijas parlamentam vairs nebūs jāpieņem nekādi lēmumi attiecībā uz šo projektu, izņemot dalību valsts budžeta pieņemšanā. Ratifikācijas likumprojekta paskaidrojuma raksts nedod atbildi uz jautājumu, vai un kādos gadījumos valdībai jālūdz parlamenta piekrišana ar projektu saistītu lēmumu pieņemšanai vai darbībām.
Tādēļ Valsts kontrole parlamentam iesaka izstrādāt papildu regulējumu starpvalstu līguma īstenošanai, kas paredzētu, ka valdībai jālūdz parlamenta atļauja, pirms uzņemties vai plānot papildu saistības, kas pārsniedz ikgadējā budžeta likumā paredzētās pilnvaras, kā arī regulāri, bet noteiktās situācijās arī ārpus kārtas jāinformē Rīgikogu par situāciju ap projekta attīstību.
Valsts kontrole arī iesaka parlamentam uzdot valdībai sniegt tam situācijas analīzi un rīcības plānu gadījumam, ja Igaunijas valsts izmaksas projektā pieaugtu, samazinoties ES atbalsta īpatsvaram, ja pieaugtu būvniecības izmaksas vai "Rail Baltica" rentabilitāte atšķirtos no paredzamās.
Ja Rīgikogu ratificēs starpvalstu līgumu un projekts sāks virzīties uz priekšu, Igaunijas Valsts kontrole gatavojas sniegt parlamentam neatkarīgu atzinumu par tā gaitu. Tā var arī darboties kā starpniece, nododot Igaunijas parlamentam Latvijas un Lietuvas viedokli, jo projekta gaitu uzraudzīs visu triju Baltijas valstu augstākās audita iestādes, kas plāno veikt kopīgus auditus. Arī Somijas un Polijas augstākās audita iestādes izteikušas vēlmi tikt iesaistītas Baltijas valstu kolēģu kopīgā projekta informācijas telpā.
Valsts kontrole atgādina, ka, ratificējot starpvalstu līgumu, Rīgikogu uzņemas Igaunijas valstij saistības līdz 2025.gadam izbūvēt savā teritorijā Eiropas platuma sliežu ceļu, pa kuru vilcieni varēs pārvietoties ar ātrumu līdz 240 kilometri stundā, un attiecīgas saistības par savām valstīm uzņemas arī Latvija un Lietuva.
Lēsts, ka Rail Baltica izbūve izmaksās aptuveni 5,79 miljardus eiro, tai skaitā Igaunijas teritorijā aptuveni 1,35 miljardus eiro. Šobrīd tiek sagaidīts, ka ES atbalsts sasniegs 85% no šīs summas jeb aptuveni 1,07 miljardus eiro, bet Igaunijas valstij būs jāiegulda vismaz 268 miljoni eiro, taču mazāka ES finansējuma vai projekta izmaksu padārdzināšanās gadījumā šī summa var izrādīties lielāka.