Negadījumā noslīka 852 cilvēki, tostarp 23 no Latvijas. Prāmja Estonia nogrimšana ir Eiropā traģiskākais negadījums jūrā miera laikā.
Starptautiska izmeklēšanas komisija jau 1997.gadā konstatēja, ka katastrofu izraisījis prāmja atveramā priekšgala bojājums. Vēlāk izplatījās versija, ka kuģis varētu būt nogrimis pēc sprādziena, taču izmeklētājiem neizdevās atrast pierādījumus šim pieņēmumam.
Ar to gan galvas lauzīšana par prāmja Estonia noslīkšanas apstākļiem nebeidzās.
Igaunijas parlamenta īpašā komisija iespējamās saistības ar ieroču pārvadāšanu izpētei savā valdībai 2006.gadā iesniegtajā gala atzinumā rekomendēja turpināt meklēt cilvēkus, kuri kopš 1994.gada tiek uzskatīti par bezvēsts pazudušiem. Komisija pauda pārliecību, ka daudzi it kā pazudušie prāmja pasažieri, kā arī tā kapteinis Avo Pihts, patiesībā ir dzīvi un tiek slēpti Rietumos.
Tikai 2009.gadā informācijas trūkuma dēļ Igaunijas valdība nolēma pārtraukt prāmja Estonia bojāejas izmeklēšanas komisijas darbību. Igaunijas valdības komisijas pēdējā ziņojumā tika secināts, ka nav iespējams izslēgt faktiski nevienu prāmja nogrimšanas scenāriju, jo tam nepieciešama prāmja vraka sistemātiska un korekti dokumentēta izpēte, kas vēl aizvien nav izdarīts.
Liktenīgajā naktī uz prāmja atradās 29 cilvēki no Latvijas, bet izglābties izdevās tikai sešiem.