2009.gada augustā visiem FM darbiniekiem tika samazināta mēneša amatalga par 20%. Tā kā daļai darbinieku pirms tam tā tika palielināta par 22%, amatalga faktiski ir palielināta, salīdzinot ar gada sākumā esošo situāciju, secinājusi Valsts kontrole.
Darbinieku mēneša amatalga paaugstināta 2008.gada oktobrī, novembrī, decembrī vai 2009.gada martā vai maijā tika paaugstināta; no tiem 30 darbinieki ieņem vadošus amatus (departamentu un nodaļu vadītāji, departamentu un nodaļu vadītāju vietnieki), pie tam četru nodaļu vadītājiem, divi departamenta direktoru vietniekiem un divi nodaļu vadītāju vietniekiem mēneša amatalga 2009.gadā paaugstināts divas reizes.
14 darbinieku, kuriem paaugstināta mēneša amatalga, atalgojums finansēts no ES fondu 2007.-2013.gada plānošanas perioda tehniskās palīdzības līdzekļiem, 33 darbinieku atalgojums finansēts no pārējiem Finanšu ministrijas valsts budžeta programmas „Finansiālās un fiskālās politikas veidošana un valsts budžeta
izstrāde” līdzekļiem.
FM arī neekonomiski plānojusi personāla resursus, kopš 2008.gada nogales palielinot darbinieku skaitu un paaugstinot atalgojumu. 2009.gada 1.oktobrī uz 1,8 darbiniekiem bija 1 vadītājs.
FM uzskata, ka VK pārmetumi par darbinieku
atalgojumu ir jāvērtē iepriekšējo gadu ekonomikas un darbaspēka tirgus
kontekstā – 2007.-2008.gadā valstī bija liels darbaspēka pieprasījums
un, tikai nodrošinot konkurētspējīgu atalgojumu, FM varēja piesaistīt
un noturēt kvalificētus darbiniekus. FM pārstāve Baiba Melnace uzsver, ka arī vēl 2009. gada pirmajā pusgadā ministrija uzskatījusi, ka atsevišķi tās darbinieki nesaņem konkurētspējīgu atalgojumu.
Viņa arī uzsvēra, ka 2009.gadā FM ir veikta algu
samazināšana atbilstoši visiem valdības lēmumiem.