Tiesa, izskatot Kučmas advokātu sūdzību par lietas ierosināšanas likumību, atcēla Ģenerālprokuratūras lēmumu ierosināt šo lietu.
Krimināllieta pret Kučmu tika ierosināta 21.martā. Viņš tika apsūdzēts par dienesta pilnvaru pārsniegšanu un nelikumīgu rīkojumu došanu Iekšlietu ministrijas darbiniekiem, kā rezultātā notikusi Gongadzes slepkavība.
Par lietisku pierādījumu šajā lietā tika atzīti Valsts apsardzes pārvaldes majora Nikolaja Meļņičenko izdarīti audioieraksti.
Pēc apsūdzību izvirzīšanas Kučmam tika noteikts drošības līdzeklis - neizbraukšana no valsts, un atbilstošs rīkojums tika dots Valsts robežsardzei. Kučma bija Ukrainas prezidents no 1994. līdz 2005.gadam.
Gongadze bija redaktors interneta izdevumam "Ukrainska pravda", kurā bieži tika kritizēts toreizējais prezidents Leonīds Kučma. Žurnālists pazuda 2000.gada 16.septembrī pēc iziešanas no drauga dzīvokļa Kijevā, un viņa līķis bez galvas tika atrasts 2000.gada novembrī mežā netālu no Kijevas.
Gongadzes slepkavība bija par iemeslu politiskam skandālam, jo tālaika opozīcija paziņoja, ka slepkavības pasūtītājs ir toreizējais prezidents Leonīds Kučma. Skandāls izraisīja masu demonstrācijas, kurās tika pieprasīts prezidenta impīčments, taču Kučma noliedza savu saistību ar slepkavību. Tiesībsargājošās iestādes joprojām nav noskaidrojušas slepkavības pasūtītājus.
2008.gada martā Kijevas apelācijas tiesa par Gongadzes noslepkavošanu piesprieda 12 līdz 13 gadus ilgus cietumsodus bijušajiem milicijas virsniekiem Nikolajam Protasovam, Valērijam Kostenko un Aleksandram Popovičam. Par slepkavības pasūtīšanu un organizēšanu neviens netika notiesāts.
2009.gada jūlijā tika aizturēts bijušais milicijas ģenerālis Aleksejs Pukačs, kurš vairākus gadus bija meklēts kā aizdomās turētais Gongadzes slepkavības organizēšanā. Ģenerālprokuratūra ir izvirzījusi Pukačam apsūdzības par līdzdalību šajā slepkavībā. Pukačs atzinās, ka nožņaudzis žurnālistu ar savu jostu un pēc tam nocirtis viņam galvu ar cirvi, un apgalvoja, ka šādi rīkojies pēc Kravčenko pavēles.
Masu mediju rīcībā esošā informācija liecina, ka arī žurnālistu Alekseju Podoļski Pukačs ieveda mežā un žņaudza ar jostu, tomēr žurnālistam izdevās izglābties.
Sociālistiskās partijas līderis Aleksandrs Morozs 2000.gada novembrī parlamentā publiskoja Meļņičenko izdarītos audioierakstus, kuri saskaņā ar Moroza teikto apstiprina Kučmas līdzdalību Gongadzes pazušanā.
Pēc Ukrainas Drošības dienesta pieprasījuma Konstitucionālā tiesa 21.oktobrī nolēma, ka apsūdzība nozieguma izdarīšanā nevar tikt pamatota ar nelikumīgi iegūtiem datiem. Kijevas Pečoras rajona tiesa trešdien nolēma, ka Meļņičenko izdarītie ieraksti iegūti nelikumīgā ceļā un tāpēc nevar būt pierādījums lietā pret Kučmu.
Gongadzes atraitnes Miroslavas interešu pārstāvētāja Valentīna Teļičenko paziņoja, ka pārsūdzēs Kijevas Pečoras rajona tiesas lēmumu, ar kuru krimināllietas ierosināšana pret Kučmu atzīta par nelikumīgu. Viņa sacīja, ka būs gan apelācijas pārsūdzība, gan kasācijas pārsūdzība, jo viņa neuzticas arī Apelācijas tiesas tiesnešiem.