Abu bijušās PSRS Vidusāzijas valstu robežkonflikta iemesls ir eksklāvi – tadžiku apdzīvotās teritorijas Fergānas ielejā, kas atrodas Kirgizstānas (un attiecīgi kirgīzu apdzīvoto zemju) ielenkumā un par kuru pieejamību (un kas ļoti būtiski – par kuru apgādi ar ūdeni) domstarpības pastāvēja pat PSRS laika posmā. Pretrunu cēloņi lielā mērā ir tie paši, kas Armēnijas un Azerbaidžānas konflikta gadījumā, par gandrīz pusrobežas iezīmēšanu Tadžikistānas un Kirgizstānas kartē vienošanās joprojām nav panākta, kamdēļ virkni pierobežas teritoriju abas valstis turpina uzskatīt par savām, un tikai Krievijas iejaukšanās un abu valstu ievērojama atkarība no Maskavas un arī no Pekinas līdz šim ir ļāvusi izvairīties no liela mēroga karadarbības.
Oficiālajā līmenī abu valstu varas iestādes, protams, noliedz jebkādu vēlmi karot ar kaimiņiem un apgalvo, ka visas domstarpības vēlas risināt tikai sarunu ceļā. Robežkonfliktu izraisīšanā, kuri izceļas ar apskaužamu regularitāti, savukārt tiek vainoti galvenokārt t. s. lauka komandieri (visbiežāk ģenerāļu statusā), kuri centrālajai varai, it īpaši Tadžikistānā, pakļaujas nosacīti un tikai tad, kad paši uzskata to par nepieciešamu.
Neoficiāli gan pastāv aizdomas, ka visas šādas aktivitātes notiek ne bez centrālo valdību un ietekmīgu amatpersonu atbalsta. Gan tādēļ, ka nekas tā nevairo esošo līderu popularitāti kā īss, uzvarošs karš, gan tādēļ, ka šāds karš ar augstu ticamības pakāpi ir abu valstu nacionālo drošības dienestu vadītāju (Vidusāzijas specifikas dēļ viņu ietekme daudzos jautājumos pārsniedz prezidentu ietekmi) labākais ceļš uz augstāko posteni valstī. Ne velti kārtējais pamiers uz robežas iestājās nevis pēc abu valstu prezidentu parakstītas vienošanās, bet tikai pēc tam, kad par to bija vienojušies arī nacionālo drošības dienestu vadītāji.
Vienlaikus arī šis pamiers neko neatrisina, jo diplomātiskas izejas no pretrunām nav, ārējā kontrole pār situāciju ir mazinājusies (Krievijai un Ķīnai ir citas problēmas), bet vēlme pēc uzvarām pieņemas spēkā. Attiecīgi arī Tadžikistānas un Kirgizstānas robežai diemžēl draud pārtapšana par patstāvīgas karadarbības zonu.