Taču daudz lielāku naudas ietaupījumu PB ekseprti saskata nevis ministriju centrālajā aparātā, bet gan to pārvaldībā esošajās aģentūrās, kas nodrošina līdzīgas vai dublējošas funkcijas.
Piemēram, PB iesaka aģentūras, kas pārvalda Eiropas Savienības fondus (Reģionālās attīstības aģentūra, Lauku atbalsta dienests), apvienot vienā institūcijā. Rezultātā ne tikai tiktu ietaupīti resursi, bet arī biznesa sektoru inspekcijas būtu saskaņotākas. Tai pašā laikā PB piebilst, šis process prasa funkciju pārbaudi, lai netiktu novājināta būtisku funkciju izpilde.
Ieteikts arī apvienot Valsts izglītības satura centru ar Izglītības attīstības aģentūru, Valsts meža dienestu ar Valsts augu aizsardzības dienestu, kā arī Ceļu satiksmes drošības direkciju ar Satiksmes negadījumu izmeklēšanas biroju.
Citas pakļautās aģentūras vai valstij piederošie uzņēmumi, kas pilda valsts funkcijas, Pasaules Bankas ieskatos var tikt absorbēti uzraugošajās ministrijās vai ir nododami pašvaldību rokās. Vai arī likvidēti, kur funkcijas nav nepieciešamas.