Pašlaik ministrijas 17 departamentos strādā vairāk nekā 270 darbinieku. Pēc reorganizācijas plānots rast iespēju visas ministrijas struktūras izvietot vienā ēkā, jo tagad tās atrodoties piecās mājās - lielākā daļa ir bijušajā Reģionālās attīstības un pašvaldību ministrijā Lāčplēša ielā, bet ministra kabinets ir bijušajā Vides ministrijā Daugavmalā.
Par iecerēto ministrijas reorganizāciju E. Sprūdžs paziņoja VARAM darbiniekiem un medijiem pirmdien. Drīz pēc tam Dienu sasniedza neoficiāla informācija, ka ar šo ieceri esot plānots uzsvaru pārlikt uz e-lietām, ar ko ministrs bijis saistīts pirms ievēlēšanas Saeimā un kas viņu visvairāk interesē. Tāpat anonīms avots vēstīja, ka E. Sprūdžs tikpat kā nesarunājoties ar tagadējo valsts sekretāru Gunti Puķīti un domājot, kādā amatā viņu pārcelt, vienlaikus ministrs esot iecerējis izveidot jaunu valsts sekretāra vietnieka posteni savam kādreizējam biznesa partnerim Arnim Daugulim. Dienas Biznesa arhīvs liecina, ka A. Daugulis ir profesionāls informācijas tehnoloģiju speciālists, kurš bija par šo jomu atbildīgs Latvenergo valdē, bet sakarā ar atbildības sfēru pārdali 2011. gada augustā amatu uzņēmuma valdē atstājis.
Uz jautājumu, vai A. Daugulis ir bijis E. Sprūdža biznesa partneris, ministrs atbildēja, ka šo cilvēku pazīstot tikai dažas nedēļas. Ministrijā viņš ir uzaicināts kā eksperts, kurš ir prezentējis labu piedāvājumu, kā izveidot efektīvu informācijas sistēmu valsts pārvaldē, lai novērstu funkciju un datubāzu dublēšanos. Uz vaicāto, vai A. Daugulis varētu būt valsts sekretāra vietnieks, ministrs atbildēja, ka ikvienam ir tiesības pieteikties konkursā. Tā gan esot tiesa, ka tagadējo triju valsts sekretāra vietnieku vietā plānots izveidot arī ceturto vietnieka amatu, jo, viņaprāt, šā posteņa līmenī ir jābūt noteiktai politiskajai atbildībai kā par vides politiku, tā par informācijas tehnoloģijām, kas tagad tā nav. Savukārt par administratīvajiem jautājumiem ir jāatbild valsts sekretāram, nevis vietniekam. Tāpat katrā departamentā neesot vajadzīgs savs jurists, ja šos uzdevumus var veikt Juridiskais departaments, uzskata ministrs.
E. Sprūdžs noliedza, ka viņam būtu grūtības sadarboties ar valsts sekretāru G. Puķīti, ar kuru «mēs sarunājamies no rīta līdz vakaram», un neesot plānu viņu nomainīt. Zatlera Reformu partija šīs ministrijas vadību pārņēma no Zaļo un Zemnieku savienības, kura Vides ministriju pārvaldīja desmit gadus. G. Puķītis par VARAM valsts sekretāru iecelts 1996. gadā, pēc tam, mainoties ministrijas nosaukumam un kompetencei, apstiprināts šajā amatā atkārtoti. E. Sprūdžs uzskata, ka ministrijas darbs reģionālās attīstības, vides aizsardzības un informācijas tehnoloģiju nozares politikas veidošanā ir jāpadara efektīvāks, ko var izdarīt, ja tiek izvērtēta katra darbinieka atbildība un kompetence, novēršot funkciju dublēšanos. Reorganizāciju sagatavos ministrijas strukturālo reformu darba grupa. VARAM interneta mājaslapā pieejamā informācija liecina, ka vairākos departamentos strādā vairāki desmiti darbinieku, kā tas ir Projektu uzraudzības departamentā, kurā ir 33 strādājošie, Elektroniskās pārvaldes departamentā - 25, Investīciju departamentā - 24, Budžeta un finanšu departamentā - 19, administratīvajā - 15. Tajā pašā laikā Pašvaldību attīstības departamentā ir tikai 11 darbinieku, bet Valsts attīstības plānošanas departamentā - 12 strādājošo.