Pēc augstskolu studiju programmu izvērtēšanas IZM ķērās klāt arī zinātnisko institūciju darbības vērtējumam, bet secinājumi ir diezgan bēdīgi - 22 augstskolu struktūrvienības un zinātniskos institūtus eksperti iesaka slēgt. 77 institūtiem jāapvienojas ar spēcīgākiem, bet tikai 15 institūti Latvijā sasniedz pasaules līmeni. Tāpēc IZM patlaban izstrādā rekomendācijas tālākai darbībai.
Ņemot vērā ekspertu ieteikumus, IZM ir izstrādājusi grozījumus Ministru kabineta noteikumos, paredzot, ka no 2015. gada sliktāk novērtētie zinātniskie institūti bāzes finansējumu no valsts vairs nesaņems. Savukārt tām institūcijām, kuras zinātnes starptautiskajā izvērtējumā ir novērtētas apmierinoši jeb ar vērtējumu «2», lai saņemtu bāzes finansējumu, līdz 2014. gada 1. jūnijam jāiesniedz reorganizācijas plāns.
Tāpat, sadarbojoties ar nozaru ministrijām, IZM līdz jūlijam plāno izstrādāt zinātnisko institūciju attīstības pasākumu plānu.
Pētījumā kopumā tika vērtētas 150 iestādes, tai skaitā zinātniskās institūcijas, augstskolas un to struktūrvienības, privātās institūcijas, komercsabiedrības un nodibinājumi. Patlaban zinātnes bāzes finansējumu saņem 41 no šīm zinātniskajām institūcijām.