Galvenās Baltijas jūras problēmas ir fosfora radītais piesārņojums, kā arī slāpekļa radītais piesārņojums. Šīs problēmas rada pārlieku labvēlīgu vidi aļģēm, kuras savukārt izmanto pārāk lielu daudzumu skābekļa. Līdz ar to skābekļa vairs nepietiek zivīm, un to Baltijas jūrā kļūst mazāk. Lielākie piesārņotāji ar slāpekli ir Polija, Zviedrija un Krievija, izceļas arī Krievijai piederošā Kaļiņingrada.
Rīgas jūras līcī iepriekšējā desmitgadē fosfora piesārņojums pieaudzis, Dienai stāsta Ziemeļu Vides finanšu korporācijas (NEFCO) pārstāvji, tomēr norāda, ka problēmu nerada tikai Latvija, bet, piemēram, arī Baltkrievijas piesārņojums sasniedz Rīgas jūras līci. Vēl jo vairāk - apmēram 40% piesārņojuma ar slāpekli, kas nonāk Baltijas jūrā, radījušas citas valstis. Pētījumos secināts - lai Baltkrievijā izpildītu HELCOM nosacījumus, nepieciešami gandrīz 70 miljoni eiro investīciju, Dienai skaidro Baltijas jūras rīcības plāna fonda pārstāve Anja Nīstena. Piesārņojums jūrā nonāk arī no Čehijas un Ukrainas.
Savukārt, pēc Helsinku komisijas datiem, tieši Latvija, salīdzinot ar pārējām divām Baltijas valstīm, rada lielāko piesārņojumu ar fosforu un slāpekli.
Kopumā Baltijas jūrā katru gadu ieplūst 30 000 tonnu fosfora, bet jūras gultnē jau uzkrājies milzīgs tā daudzums, un katru gadu no gultnes ūdenī nokļūst 100 000 tonnu fosfora.
Kā vēsta Radio Brīvā Eiropa, Kaļiņingradā jau 2011. gadā bija jādarbojas notekūdeņu attīrīšanas sistēmai. Tā nav pabeigta arī 2015. gadā, un tāpēc pilsētas kanalizācijas ūdeni vienkārši izgāž jūrā. Lai gan vairākas valstis investē naudu, Kaļiņingradā ūdens attīrīšanas iekārta nav modernizēta un uzlabojumus atliek. NEFCO gan atzīst, ka pilsētas apkārtnē izveidotas vairākas nelielas ūdens attīrīšanas iekārtas, taču ar to nav gana, lai piesārņojumu novērstu. Baltijas jūras vides investori gaida septembri, lai noskaidrotu, vai kaut kas mainījies, ja ne - Kaļiņingradai var nākties atmaksāt 25 miljonus eiro investīciju.