Eksperti uzskata, ka pat pēc abu reaktoru darbības apturēšanas AES ekspluatāciju nevarēs pārtraukt. Tā kā izstrādātās kodoldegvielas glabātuvju celtniecība ir aizkavējusies, reaktorā joprojām paliks kodolkasetes. Reaktora dzesēšanai būs nepieciešams liels daudzums elektroenerģijas, tāpēc Ignalinas AES būs viens no pieciem lielākajiem elektroenerģijas patērētājiem valstī. Saskaitot tiešās un netiešās izmaksas, katru turpmāko gadu AES būs jātērē 70- 80 miljonus eiro.
Slēgt abus Ignalinas AES energoblokus Lietuva apņēmās, iestājoties ES. Abu pušu parakstītais protokols paredz, ka pirmais energobloks jāslēdz līdz 2005.gadam, otrais - līdz 2009.gada beigām. Lai gan patiesībā pirmo reizi slēgt AES Lietuva apņēmās jau 1994.gadā, kad no Eiropas Rekonstrukcijas un attīstības bankas saņēma 32,8 miljonus ekiju AES drošības stiprināšanai. Pretim Lietuva apsolīja nemainīt pret jauniem kodoldegvielas kanālus pēc tam, kad beidzas to ekspluatācijas laiks.
Līdz šim Lietuva no ES AES slēgšanai saņēmusi aptuveni 1,3 miljardus eiro, taču kopējie izdevumi būs divas reizes lielāki - ap 2,5 miljardiem eiro. Liela daļa jau saņemtās naudas ir notērēta, taču galvenie objekti - izstrādātās kodoldegvielas glabātuve (B1) un vēl trīs ēku kompleksi, kas paredzēti radioaktīvo atkritumu glabāšanai, vēl nav uzcelti. Lietuvas enerģētikas viceministrs Roms Šveds norāda, ka projekta B1 celtniecība kavēsies par 31 mēnesi. Sākotnēji to tika plānots pabeigt 2009.gada 31.augustā. Tagad šis datums pārbīdīts līdz 2011.gada 29.martam. R.Šveds stāsta, ka pašlaik kodoldegvielu no pirmā reaktora pārvietojot īpašā baseinā, taču degvielu no otrā reaktora neesot, kur likt. «Tāpēc AES arī turpmāk atradīsies ekspluatācijas režīmā, un tas prasīs papildus tēriņus. Šādi nāksies darboties 5-6 gadus. Katru gadu būs nepieciešami 70-80 miljoni eiro, ko mēs vienkārši noēdīsim,» saka viceministrs.
Daži eksperti izteikušies, ka AES slēgšana ir ievilkusies tāpēc, ka sākotnēji tika izveidots pārāk sarežģīts naudas administrēšanas (ar ERAB starpniecību), konkursu un kontroles mehānisms. Lietuvas presē īpaši uzsver interesantu detaļu, ka ERAB konkursā par kodoldegvielas un kodolatkritumu glabātuvju celtniecību uzvarēja vācu firma Nukem, ko vēlāk iegādājās Krievijas uzņēmums Atomstrojeksport. Neesot arī izslēgts, ka AES slēgšanas procesa paātrināšanā nav ieeinteresēta pašas AES vadība, lai necirstu zaru, uz kura sēž.
Jau 2008.gadā Lietuvas politiķi skaļi sāka spriest, ka ekonomiskā krīze kopā ar neizbēgamo elektroenerģijas padārdzināšanos varētu būt iemesls, lai atliktu AES slēgšanu. Taču Eiropas Komisija tam kategoriski nepiekrita.