Lietuvieši kritizē to, ka AES atradīsies tuvu pie Lietuvas un Krievijas, respektīvi, Kaļiņingradas apgabala, robežas, netālu no robežupes Nemunas, kā arī Krievijas atteikšanos par AES rīkot referendumu un to, ka Krievija neesot veikusi starptautiskajiem standartiem atbilstošu ietekmes uz vidi novērtējumu. Lietuvas politiķi pauduši, ka mudinās ne tikai Baltijas kaimiņus, bet arī citas Eiropas Savienības (ES) valstis pieņemt normas, kas aizliegtu nedrošās AES ražotās elektrības tirdzniecību.
Latvijas enerģētikas eksperts, bijušais ES enerģētikas komisāra padomnieks Juris Ozoliņš uzskata, ka Latvijai būtu jāatbalsta Lietuvas paustā nostāja. «Krievija cenšas palielināt savu ģeopolitisko ietekmi reģionā un ielauzties ES tirgū. Turklāt ne mazums bažu raisa arī drošības aspekts - lai ko arī Krievija teiktu par savām tehnoloģijām, to drošība nav pārliecinoša,» uzsver J. Ozoliņš.
Arī vides aktīvists Ojārs Balcers ir pārliecināts, ka Baltijas AES projekts nav ekonomiski pamatots, bet gan balstīts uz politiskajiem apsvērumiem. Viņš gan piebilst, ka, pamatojoties uz pieredzi Lietuvas Visaginas AES projekta sabiedriskajā apspriešanā, secinājis, ka «paši lietuvieši par pārrobežu piesārņojumu un saskaņošanu diez vai ir labākais piemērs». Pēc viņa domām, jebkādu atomenerģētikas projektu vietā reģionā būtu jāattīsta koģenerācija no biomasas un jāveicina energoefektivitāte.